De bovenbouw van havo en vwo noem je de tweede fase. Vanaf de derde klas moet je hier een profiel kiezen. Er zijn vier profielen, met een aantal vakken waarmee je in de bovenbouw verder gaat.
Bedenk bij het kiezen wat je leuk vindt, wat je goed kunt en wat je later wil worden. Voor je vervolgopleiding zijn bepaalde profielen vaak verplicht. Bij de twee natuurprofielen spelen de vakken wiskunde, natuurkunde, scheikunde en biologie een belangrijke rol. Bij EM gaat het om wiskunde, economie, aardrijkskunde en geschiedenis. Bij CM zijn enkele vakken verplicht: wiskunde, geschiedenis en een taal. Naast dit profiel volgen alle leerlingen een breed pakket algemeen vormende vakken: Nederlands, Engels, algemene natuurwetenschappen, geschiedenis en maatschappijleer, culturele en kunstzinnige vorming en lichamelijke opvoeding. Op het vwo komt daar Frans en Duits bij. Er is ook een vrij deel dat kan worden gebruikt om vakken uit een ander profiel te volgen. Hiermee heb je meer kans om door te stromen naar het hoger onderwijs. Vraag het aan je mentor of decaan. Per 1 augustus 2007 is de structuur van de bovenbouw havo/vwo aangepast. De veranderingen gelden voor scholieren die dit schooljaar in 4-vwo en 4-havo zitten. Zij hebben nu meer ruimte voor eigen keuzes. Binnen de tweede fase kan het studiehuis zijn ingevoerd: een zelfstandiger manier van werken en studeren.