Ouders, leerlingen en personeel kunnen een klacht indienen bij een klachtencommissie. Bijvoorbeeld bij een klacht over het gedrag of een beslissing van iemand die bij de school betrokken is. Scholen zijn wettelijk verplicht om hierbij aangesloten te zijn (art. 14 WPO) jo. (art. 3.35 WVO 2020). Meestal zijn scholen aangesloten bij een landelijke klachtencommissie, zoals de Landelijke Klachtencommissie Onderwijs (LKC), maar dit hoeft niet. Zo zijn er ook scholen die een eigen, onafhankelijke klachtencommissie in stand houden.
De klachtencommissie oordeelt of een klacht gegrond is. De klager krijgt gelijk of niet. Daarbij brengt de klachtencommissie advies uit aan de school om zaken te verbeteren. Dit advies is niet bindend. Het hoofddoel van de klachtencommissie is om lessen te trekken uit klachten en het beleid van de school te verbeteren. Niet om schade te herstellen of om recht te spreken. In veel gevallen neemt het schoolbestuur het advies van klachtencommissie over. Gebeurt dit niet, dan staat de rechtsgang via de gewone rechter nog open.
Informatie over de klachtenprocedure en bij welke klachtencommissie de school is aangesloten staat in de schoolgids (art. 13 lid 1f WPO).
De Landelijke Klachtencommissie Onderwijs (LKC) staat open voor scholen in zowel het bijzonder (confessioneel en algemeen) als het openbaar onderwijs.
Sinds 1 januari 2014 werken klachtencommissies in het bijzonder onderwijs samen in de Geschillencommissies Bijzonder Onderwijs (GCBO). Het gaat om de volgende klachtencommissies: