Op 2 oktober 2007 zond staatssecretaris Dijksma twee onderzoeksrapporten van de onderwijsinspectie naar de kwaliteit van vrije scholen aan de Tweede kamer. Ze schreef dat uit het onderzoek naar voren komt dat zeer zwakke vrije scholen goed in staat zijn de kwaliteit te verbeteren, ook binnen het vrijeschoolconcept. En dat vrije scholen meer dan voorheen in staat zijn zich aan de hand van betrouwbare gegevens te verantwoorden over de resultaten die zij met hun leerlingen behalen.
Uit de rapporten blijkt dat de kwaliteit van de vrije scholen zich in de periode 2003-2007 op een groot aantal punten positief heeft ontwikkeld ten opzichte van de periode 1998-2002. Toch blijft de kwaliteit nog duidelijk achter bij het landelijk gemiddelde. Zo is 14,1% van de vrijescholen zeer zwak (landelijk gemiddelde 1,6%). Het aantal zwakke of risicovolle vrijescholen is 38% (landelijk gemiddelde 11,3%).
8 september 2007 verscheen in NRC Handelsbladredacteur van onderwijsredacteur Japke-d. Bouma een uitgebreid verslag over de veranderingen op vrije scholen, zie
Revolutie op de Vrije School, Veel zingen en kunst is het kenmerk van de Vrije Scholen. Maar de inspectie en veel ouders willen óók leerprestaties. Het roer gaat nu om.
De kwaliteit van het onderwijs op (zeer zwakke) vrije scholen, onderwijsinspectie, september 2007