Het studiehuis was een concept waarbij zelfstandig leren en plannen centraal stonden. Het maakte onderdeel uit van de tweede fase. De rol van docenten verschoof hierbij van onderwijzer naar begeleider.
Inmiddels wordt de term ‘studiehuis’ niet vaak meer gebruikt. Trouwsprak in 2007 zelfs van een ‘zachte dood’ van de tweede fase en het studiehuis. Desalniettemin ligt op veel scholen voor voortgezet onderwijs in de bovenbouw de nadruk op zelfstandig leren werken en plannen.
Met ingang van 1 augustus 1998 voerde een deel van de havo/vwo scholen de tweede fase in. De overige scholen volgden later. De tweede fase is ook wel een synoniem voor de bovenbouw van het havo en vwo. De tweede fase houdt een aantal wettelijke regelingen in, waaronder:
In 2005 vond er een evaluatie van de tweede fase plaats. En vanaf schooljaar 2007-2008 vonden er enkele organisatorische en inhoudelijke veranderingen plaats, waardoor scholen meer keuzevrijheid kregen en versnippering van het volle onderwijsprogramma werd tegengegaan.