Soms besluit een basisschool een leerling definitief te verwijderen. Bijvoorbeeld bij wangedrag van de leerling of ouders, waardoor de orde, rust en veiligheid op school in gevaar komen. Of als een leerling een ondersteuningsbehoefte heeft, waar de basisschool niet aan kan voldoen. Maar een basisschool kan ook tot verwijdering van een leerling overgaan, als de leerling twee keer achter elkaar moet zittenblijven en dit volgens de eigens schoolregels niet is toegestaan.
Een basisschool kan een leerling pas definitief verwijderen nadat de school: (art. 40 lid 11 WPO):
Ouders kunnen in bezwaar gaan als zij het niet eens zijn met de beslissing tot verwijdering. Dit bezwaar moeten zij schriftelijk indienen bij het schoolbestuur. De school moet hier dan binnen vier weken op reageren (art. 40 lid 12 WPO).
Sinds 1 augustus 2014 geldt er voor schoolbesturen een zorgplicht. Dit betekent dat scholen ervoor moeten zorgen dat iedere leerling die op hun school staat ingeschreven of is aangemeld, een passende onderwijsplek binnen het samenwerkingsverband krijgt.
De praktische uitvoering van de zorgplicht houdt in dat een schoolbestuur eerst moet onderzoeken in hoeverre de school effectief onderwijs en zorg kan bieden aan de leerling. Indien de school van mening is dat de leerling beter tot zijn recht komt op een andere plek binnen het eigen samenwerkingsverband, dan moet zij deze overgang zelf regelen.